A CGE-MT é órgão autônomo vinculado diretamente à Governadoria, instituição permanente e essencial ao Controle Interno do Poder Executivo Estadual, na forma dos Arts. 70 e 74 da Constituição Federal e 52 da Constituição Estadual. Foi criada como Auditoria Geral do Estado (AGE) pela Lei nº 4.087, de 11 de julho de 1979.
Era um momento pós-divisão de Mato Grosso, no qual o governo precisava seguir adiante enfrentando velhos e novos desafios. Eram 5 auditores contratados para atender todo o Estado de Mato Grosso, que não possuía um sistema integrado de contabilidade, o que dificultava a fiscalização das prestações de contas.
Na década de 80, mais precisamente em 1986, foram criados 20 cargos de auditor-contábil, com formação em Ciências Contábeis, que foram empossados no ano seguinte. Com a nova força de trabalho, a então AGE ampliou significativamente sua atuação e consolidou sua estrutura.
Uma das principais missões do controle era fiscalizar os programas de desenvolvimento regional, como o Sudeco. Nos anos 90, os auditores tiveram também importante participação no processo de privatização das estatais em Mato Grosso e no acompanhamento do Programa de Desenvolvimento Agroambiental (Prodeagro).
Era um momento de modernização da máquina pública, que afetou a rotina de trabalhos do controle interno. Esses e outros trabalhos foram importantes para contra-argumentar a possibilidade de extinção do órgão, sob o pretexto de enxugamento da máquina.
No final da déecada de 90, a então AGE teve atuação com foco no Programa de Ajuste Fiscal do Estado, analisando a situação fiscal e recomendando medidas de recuperação das contas.
No início dos anos 2000, a então AGE ampliou a quantidade de vagas para 41 auditores, bem como seus perfis profissionais, passando a ter em seus quadros administradores, advogados, economistas, analistas de tecnologia da informação e engenheiros.
Destaque para a criação da nova estrutura do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Estadual, instituindo as Unidades Setoriais de Controle Interno (Unisecis).
A AGE passou também a ganhar destaque com auditorias de grande repercussão social, resultando em operação policiais e/ou subsidiando ações judiciais relativas às irregularidades identificadas.
A partir de 2010, a atuação começa a ganhar ainda mais relevância, ao passar a desempenhar as quatro macrofunções do controle interno – Ouvidoria, Auditoria Governamental, Controladoria e Correição, seguindo diretriz do Conselho Nacional de Controle Interno (Conci) e nos moldes da Controladoria Geral da União (CGU). A atuação como Controladoria foi viabilizada por meio da Lei Complementar n. 413/2010
A consolidação desse método de trabalho se deu em 27 de novembro de 2014, com a Lei Complementar nº 550, que transformou a Auditoria Geral em Controladoria Geral do Estado. As atividades do órgão passaram a consistir: auditoria pública, correição, prevenção e combate à corrupção, ouvidoria, incremento da transparência da gestão no âmbito da administração pública e proteção do patrimônio público.
Para bem realizar as novas atribuições, foi necessário ampliar o quadro de auditores para 71 e depois para 100. Também foi preciso ampliar ambiente de trabalho mediante a construção da nova sede, inaugurada no dia 14 de março de 2017, e investir em tecnologia da informação.
Veja no quadro abaixo os secretários que ajudaram a fazer a história da Controladoria:
Darcy Avelino da Silva Gomes
06/01/1981 a 15/03/1983
Juracy Maria de Campos Braga
15/03/1983 a 13/01/1984
Antônio Eugênio Belluca
13/01/1984 a 13/05/1986
Acy Castrillon Ferreira
14/05/1986 a 15/03/1987
João Alberto de Arruda
15/03/1987 a 13/04/1989
Sarita Baracat de Arruda
13/04/1989 a 30/03/1990
Josefina da Cruz Coelho
15/06/1990 a 15/03/1991
Gilson Duarte de Barros
15/03/1991 a 30/12/1994
Pedro Rodrigues Lima
01/01/1995 a 31/05/1996
José Gonçalves Botelho do Prado
23/07/1996 a 30/12/2002
Sirio Pinheiro da Silva
01/01/2003 a 02/08/2007
José Gonçalves Botelho do Prado
16/08/2007 a 30/03/2010
José Alves Pereira Filho
31/03/2010 a 31/12/2014
Ciro Rodolpho Gonçalves
01/01/2015 a 18/06/2018
José Celso Dorilêo Leite
18/06/2018 a 31/12/2018
Emerson Hideki Hayashida
02/01/2019 a 31/12/2022
Paulo Farias Nazareth Netto
01/01/2023 - atual